由于西大附中属于二级单位，在人事、财务上归广西大学管理，业务上受南宁市教育局的领导。按照国家规定，社会力量捐资助学款必须由教育行政管理部门协调财政部门统一缴纳到财政专户上。然而，在唐运南的授意下，西大附中收取的绝大部分捐资助学款却存入了几名副校长的私人账户或学校食堂账户中，成为“账外资金”。几位校领导每人都掌管着一本捐资助学款的私人存折，数额少则几十万，多则一二百万。2005年至2007年间，西大附中以个人名义开办存储账户多达11个，作为学校的“小金库”。
这些“小金库”成了校领导班子可随意支配的“提款机”，他们利用各种手段进行贪污，侵吞巨额公款，动辄以开会为名分发劳务费、以加班为名发放“红包”，并想方设法找发票“报销”或公款私分，有次大额“报销”，甚至连一张票据也没有。除按照分数收取捐资助学款作为学校的“帐外资金”外，唐运南自己收取捐资助学款的方式还有两种：一是利用职权挤占招生指标，直接收取学生家长的捐资助学款后据为己有；二是以上级领导打招呼为由，两头欺骗，骗取家长和学校财务人员，自己从中截留。此外，唐运南还利用职务之便，在学校采购多媒体电教设备活动中收受贿赂。